مسجد ایاصوفیه دیرزمانی کلیسای جامع ارتدوکس بوده است که در دوره امپراتوری بیزانس به سال ۵۳۲ میلادی و بنا به دستور امپراتور کنستانتین اول ساخته شده و بعدها در قرن ۶ میلادی توسط «جاستنیانوس» مورد بازسازی و مرمت قرار گرفت.

پس از فتح استانبول، سلطان محمد دوم دستور داد کلیسای ایاصوفیه را به مسجد تبدیل کنند. سلیمان اول نیز دستور داد نقاشی‌ها و نگارگری‌های داخل ایاصوفیه را بپوشانند تا نماز جمعه در آنجا خوانده شود اما پس از اعلام حکومت جمهوری در ترکیه و به قدرت رسیدن آتاترک، ایاصوفیه به موزه تبدیل شده و تا امروز نیز به همین شکل باقی‌مانده‌است.
این بنای باشکوه بارها در طی تاریخ بر اثر جنگ ها و شورش‌ها و نیز وقوع زلزله فروریخته و سپس تعمیر و بازسازی شده است.